nouvèl

Nan dènye deseni a, teknoloji sekansaj jèn te lajman itilize nan rechèch kansè ak pratik klinik, li vin tounen yon zouti enpòtan pou revele karakteristik molekilè kansè. Pwogrè nan dyagnostik molekilè ak terapi sib te ankouraje devlopman konsèp terapi presizyon timè epi yo te pote gwo chanjman nan tout domèn dyagnostik ak tretman timè. Tès jenetik yo ka itilize pou avèti risk kansè, gide desizyon tretman ak evalye pronostik, epi li se yon zouti enpòtan pou amelyore rezilta klinik pasyan yo. Isit la, nou rezime atik resan yo pibliye nan CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol ak lòt jounal pou revize aplikasyon tès jenetik nan dyagnostik ak tretman kansè.

Mitasyon somatik ak mitasyon jèminal. An jeneral, kansè koze pa mitasyon ADN ki ka eritye nan men paran yo (mitasyon jèminal) oswa akeri avèk laj (mitasyon somatik). Mitasyon jèminal yo prezan depi nesans, epi mutatè a anjeneral pote mitasyon an nan ADN chak selil nan kò a epi li ka transmèt bay pitit yo. Mitasyon somatik yo akeri pa moun nan selil ki pa gametik epi yo anjeneral pa transmèt bay pitit yo. Tou de mitasyon jèminal ak somatik yo ka detwi aktivite fonksyonèl nòmal selil yo epi mennen nan transfòmasyon malfezan selil yo. Mitasyon somatik yo se yon faktè kle nan malfezans ak byomarkè ki pi prediksyon nan onkoloji; sepandan, apeprè 10 a 20 pousan nan pasyan ki gen timè yo pote mitasyon jèminal ki ogmante risk kansè yo anpil, epi kèk nan mitasyon sa yo tou terapetik.
Mitasyon chofè ak mitasyon pasaje. Se pa tout varyant ADN ki afekte fonksyon selilè; an mwayèn, li pran senk a dis evènman jenomik, ke yo rekonèt kòm "mitasyon chofè," pou deklanche dejenerasyon selilè nòmal. Mitasyon chofè yo souvan rive nan jèn ki gen rapò sere avèk aktivite lavi selilè, tankou jèn ki enplike nan règleman kwasans selilè, reparasyon ADN, kontwòl sik selilè ak lòt pwosesis lavi, epi yo gen potansyèl pou yo itilize kòm sib terapetik. Sepandan, kantite total mitasyon nan nenpòt kansè se byen gwo, sòti nan kèk milye nan kèk kansè nan tete rive nan plis pase 100,000 nan kèk kansè kolorektal ak andometriyal ki trè varyab. Pifò mitasyon yo pa gen okenn oswa yon siyifikasyon byolojik limite, menm si mitasyon an rive nan rejyon kodaj la, evènman mitasyon ensiyifyan sa yo rele "mitasyon pasaje". Si yon varyant jèn nan yon kalite timè patikilye predi repons li a oswa rezistans li a tretman, varyant la konsidere kòm klinikman operab.
Onkojèn ak jèn siprime timè. Jèn ki souvan sibi mitasyon nan kansè yo ka divize an de kategori, onkojèn ak jèn siprime timè. Nan selil nòmal yo, pwoteyin ki kode pa onkojèn yo jwe prensipalman wòl pou ankouraje pwopagasyon selilè ak anpeche apoptoz selilè, alòske pwoteyin ki kode pa jèn onkosupreseur yo responsab prensipalman pou reglemante divizyon selilè negatif pou kenbe fonksyon selilè nòmal. Nan pwosesis transfòmasyon malfezan an, mitasyon jenomik mennen nan amelyorasyon aktivite onkojèn ak diminisyon oswa pèt aktivite jèn onkosupreseur.
Ti varyasyon ak varyasyon estriktirèl. Sa yo se de prensipal kalite mitasyon ki genyen nan jènòm nan. Ti varyant yo modifye ADN nan chanje, efase, oswa ajoute yon ti kantite baz, tankou ensèsyon baz, sipresyon, chanjman kad lekti, pèt kodon kòmansman, mitasyon pèt kodon arè, elatriye. Varyasyon estriktirèl se yon gwo rearanjman jènòm, ki enplike segman jèn ki varye nan gwosè soti nan kèk milye baz rive nan majorite kwomozòm nan, tankou chanjman nan kantite kopi jèn, sipresyon kwomozòm, diplikasyon, envèsyon oswa translokasyon. Mitasyon sa yo ka lakòz yon rediksyon oswa amelyorasyon nan fonksyon pwoteyin. Anplis chanjman nan nivo jèn endividyèl yo, siyati jenomik yo fè pati tou nan rapò sekans klinik yo. Siyati jenomik yo ka wè kòm modèl konplèks nan ti varyasyon ak/oswa estriktirèl, tankou chaj mitasyon timè (TMB), enstabilite mikrosatelit (MSI), ak domaj rekombinasyon omolog.

Mitasyon klonal ak mitasyon souklonal. Mitasyon klonal yo prezan nan tout selil timè yo, yo prezan nan moman dyagnostik la, epi yo rete prezan apre tretman an avanse. Se poutèt sa, mitasyon klonal yo gen potansyèl pou yo itilize kòm sib terapetik timè. Mitasyon souklonal yo prezan sèlman nan yon sou-gwoup selil kansè yo epi yo ka detekte nan kòmansman dyagnostik la, men yo disparèt ak repetisyon ki vin apre oswa parèt sèlman apre tretman an. Eterogeneite kansè refere a prezans plizyè mitasyon souklonal nan yon sèl kansè. Li enpòtan pou note ke majorite mitasyon chofè klinikman enpòtan nan tout espès kansè komen yo se mitasyon klonal epi yo rete estab pandan tout pwogresyon kansè a. Rezistans, ki souvan medyatè pa souklon, ka pa detekte nan moman dyagnostik la men li parèt lè li rechit apre tretman an.

Teknik tradisyonèl FISH la oubyen karyotip selilè a itilize pou detekte chanjman nan nivo kwomozòm. FISH ka itilize pou detekte fizyon jèn, sipresyon, ak anplifikasyon, epi li konsidere kòm "etalon an lò" pou detekte varyant sa yo, avèk gwo presizyon ak sansiblite men ak yon débit limite. Nan kèk kansè ematolojik, sitou lesemi egi, karyotipaj toujou itilize pou gide dyagnostik ak pronostik, men teknik sa a piti piti ranplase pa tès molekilè siblé tankou FISH, WGS, ak NGS.
Chanjman nan jèn endividyèl yo ka detekte pa PCR, tou de PCR an tan reyèl ak PCR gout dijital. Teknik sa yo gen gwo sansiblite, yo patikilyèman apwopriye pou deteksyon ak siveyans ti lezyon rezidyèl, epi yo ka jwenn rezilta nan yon tan relativman kout, dezavantaj la se ke ranje deteksyon an limite (anjeneral sèlman detekte mitasyon nan youn oswa kèk jèn), epi kapasite pou fè plizyè tès limite.
Iminoistochimi (IHC) se yon zouti siveyans ki baze sou pwoteyin ki souvan itilize pou detekte ekspresyon byomarkè tankou ERBB2 (HER2) ak reseptè estwojèn. IHC kapab itilize tou pou detekte pwoteyin espesifik ki sibi mitasyon (tankou BRAF V600E) ak fizyon jèn espesifik (tankou fizyon ALK). Avantaj IHC a se ke li ka fasil pou entegre nan pwosesis analiz tisi woutin, kidonk li ka konbine avèk lòt tès yo. Anplis de sa, IHC ka bay enfòmasyon sou lokalizasyon pwoteyin subselilè. Dezavantaj yo se évolutivité limite ak gwo demand òganizasyonèl.
Sekansaj dezyèm jenerasyon (NGS) NGS itilize teknik sekansaj paralèl wo-debi pou detekte varyasyon nan nivo ADN ak/oswa ARN. Teknik sa a ka itilize pou sekansye tou de tout jenòm lan (WGS) ak rejyon jèn ki enterese yo. WGS bay enfòmasyon ki pi konplè sou mitasyon jenomik, men gen anpil obstak nan aplikasyon klinik li, tankou bezwen pou echantiyon tisi timè fre (WGS poko apwopriye pou analize echantiyon imobilize nan fòmalin) ak pri ki wo.
Sekansman NGS sible a gen ladan l sekansman tout ègzòn ak panèl jèn sib. Tès sa yo anrichi rejyon ki enterese yo ak sond ADN oswa anplifikasyon PCR, kidonk limite kantite sekansman ki nesesè (tout ègzòm nan reprezante 1 a 2 pousan nan jenòm nan, e menm gwo panèl ki gen 500 jèn reprezante sèlman 0.1 pousan nan jenòm nan). Malgre ke sekansman tout ègzòn nan fonksyone byen nan tisi fikse ak fòmalin, pri li rete wo. Konbinezon jèn sib yo relativman ekonomik epi yo pèmèt fleksibilite nan seleksyon jèn pou teste. Anplis de sa, ADN lib sikile (cfDNA) ap parèt kòm yon nouvo opsyon pou analiz jenomik pasyan kansè yo, ke yo rekonèt kòm byopsi likid. Tou de selil kansè yo ak selil nòmal yo ka lage ADN nan san an, epi ADN ki soti nan selil kansè yo rele ADN timè sikile (ctDNA), ke yo ka analize pou detekte mitasyon potansyèl nan selil timè yo.
Chwa tès la depann de pwoblèm klinik espesifik ki dwe adrese a. Pifò nan byomarkè ki asosye ak terapi apwouve yo ka detekte pa teknik FISH, IHC, ak PCR. Metòd sa yo rezonab pou deteksyon ti kantite byomarkè, men yo pa amelyore efikasite deteksyon an lè debi a ogmante, epi si yo detekte twòp byomarkè, ka pa gen ase tisi pou deteksyon. Nan kèk kansè espesifik, tankou kansè nan poumon, kote echantiyon tisi yo difisil pou jwenn epi gen plizyè byomarkè pou teste, itilizasyon NGS se yon pi bon chwa. An konklizyon, chwa tès la depann de kantite byomarkè ki dwe teste pou chak pasyan ak kantite pasyan ki dwe teste pou byomarkè a. Nan kèk ka, itilizasyon IHC/FISH sifi, sitou lè sib la te idantifye, tankou deteksyon reseptè estwojèn, reseptè pwojestewòn, ak ERBB2 nan pasyan ki gen kansè nan tete. Si yo bezwen yon eksplorasyon pi konplè sou mitasyon jenomik ak rechèch pou sib terapetik potansyèl yo, NGS pi òganize e pi efikas an tèm de pri. Anplis de sa, yo ka konsidere NGS nan ka kote rezilta IHC/FISH yo anbigi oswa pa konklizyon.

Gen diferan direktiv ki bay konsèy sou ki pasyan ki ta dwe kalifye pou tès jenetik. An 2020, Gwoup Travay Medsin Presizyon ESMO a te pibliye premye rekòmandasyon tès NGS pou pasyan ki gen kansè avanse, li te rekòmande tès NGS woutin pou kansè nan poumon ki pa ti selil ki pa eskamèz avanse, kansè nan pwostat, kansè nan kolon, kansè nan kanal bilyè, ak echantiyon timè kansè nan ovè, epi an 2024, ESMO te mete ajou sou baz sa a, li te rekòmande enklizyon kansè nan tete ak timè ki ra. Tankou timè estwòm gastwoentestinal, sarkòm, kansè tiwoyid ak kansè ki gen orijin enkoni.
An 2022, Opinyon Klinik ASCO a sou tès jenòm somatik nan pasyan ki gen kansè metastatik oswa avanse deklare ke si yo apwouve yon terapi ki gen rapò ak byomarkè nan pasyan ki gen timè solid metastatik oswa avanse, yo rekòmande tès jenetik pou pasyan sa yo. Pa egzanp, yo ta dwe fè tès jenomik nan pasyan ki gen melanom metastatik pou depistaj mitasyon BRAF V600E, paske inibitè RAF ak MEK yo apwouve pou endikasyon sa a. Anplis de sa, yo ta dwe fè tès jenetik tou si gen yon makè rezistans klè pou medikaman an dwe administre bay pasyan an. Egfrmab, pa egzanp, pa efikas nan kansè kolorektal mutant KRAS. Lè w ap konsidere si yon pasyan apwopriye pou sekansaj jèn, yo ta dwe entegre sitiyasyon fizik pasyan an, komorbidite li yo, ak etap timè a, paske seri etap ki nesesè pou sekansaj jenòm, ki gen ladan konsantman pasyan an, pwosesis laboratwa, ak analiz rezilta sekansaj yo, egzije pou pasyan an gen yon kapasite fizik ak esperans lavi adekwa.
Anplis mitasyon somatik yo, yo ta dwe fè tès pou kèk kansè tou pou jèn liy jèm. Tès pou mitasyon liy jèm ka enfliyanse desizyon tretman pou kansè tankou mitasyon BRCA1 ak BRCA2 nan kansè nan tete, ovè, pwostat, ak pankreyas. Mitasyon liy jèm yo ka gen enplikasyon tou pou depistaj ak prevansyon kansè nan lavni lakay pasyan yo. Pasyan ki potansyèlman apwopriye pou tès pou mitasyon liy jèm bezwen satisfè sèten kondisyon, ki enplike faktè tankou istwa kansè nan fanmi an, laj lè yo te dyagnostike l, ak kalite kansè. Sepandan, anpil pasyan (jiska 50%) ki pote mitasyon patojèn nan liy jèm lan pa satisfè kritè tradisyonèl yo pou tès pou mitasyon liy jèm ki baze sou istwa fanmi an. Se poutèt sa, pou maksimize idantifikasyon moun ki pote mitasyon yo, Rezo Nasyonal Konplè Kansè (NCCN) rekòmande pou tout oswa pifò pasyan ki gen kansè nan tete, ovè, andometryal, pankreyas, kolorektal, oswa pwostat fè tès pou mitasyon liy jèm.
Anrapò ak moman tès jenetik la, paske majorite mitasyon chofè klinikman enpòtan yo klonal epi relativman estab pandan pwogresyon kansè a, li rezonab pou fè tès jenetik sou pasyan yo nan moman dyagnostik kansè avanse a. Pou tès jenetik ki vin apre yo, sitou apre terapi molekilè sib, tès ctADN pi avantaje pase ADN tisi timè a, paske ADN san an ka genyen ADN ki soti nan tout lezyon timè yo, sa ki pi fezab pou jwenn enfòmasyon sou eterogeneite timè a.
Analiz ctADN apre tretman an ka kapab predi repons timè a nan tretman an epi idantifye pwogresyon maladi a pi bonè pase metòd imajri estanda yo. Sepandan, pwotokòl pou itilize done sa yo pou gide desizyon tretman yo poko etabli, epi analiz ctADN pa rekòmande sof si se nan esè klinik yo. Yo kapab itilize ctADN tou pou evalye ti lezyon rezidyèl apre operasyon radikal timè a. Tès ctADN apre operasyon an se yon prediktè fò nan pwogresyon maladi ki vin apre a epi li ka ede detèmine si yon pasyan ap benefisye de chimyoterapi adjuvan, men li toujou pa rekòmande pou itilize ctADN deyò esè klinik yo pou gide desizyon chimyoterapi adjuvan.

Tretman done Premye etap nan sekansaj jènòm lan se ekstrè ADN nan echantiyon pasyan yo, prepare bibliyotèk yo, epi jenere done sekansaj brit. Done brit yo bezwen plis tretman, tankou filtraj done ki ba kalite, konpare yo ak jènòm referans lan, idantifye diferan kalite mitasyon atravè diferan algoritm analiz, detèmine efè mitasyon sa yo sou tradiksyon pwoteyin, epi filtraj mitasyon liy jèm yo.
Anotasyon jèn chofè a fèt pou distenge mitasyon chofè ak pasaje yo. Mitasyon chofè yo mennen nan pèt oswa amelyorasyon aktivite jèn siprimeur timè. Ti varyant ki mennen nan inaktivasyon jèn siprimeur timè yo enkli mitasyon san sans, mitasyon chanjman kad lekti, ak mitasyon sit épissage kle, osi byen ke sipresyon kodon kòmansman mwens souvan, sipresyon kodon arè, ak yon pakèt mitasyon ensèsyon/sipresyon intron. Anplis de sa, mitasyon missense ak ti mitasyon ensèsyon/sipresyon intron kapab mennen tou nan pèt aktivite jèn siprimeur timè lè yo afekte domèn fonksyonèl enpòtan. Varyant estriktirèl ki mennen nan pèt aktivite jèn siprimeur timè yo enkli sipresyon pasyèl oswa konplè jèn ak lòt varyant jenomik ki mennen nan destriksyon kad lekti jèn lan. Ti varyant ki mennen nan amelyorasyon fonksyon onkojèn yo enkli mitasyon missense ak ensèsyon/sipresyon intron okazyonèl ki vize domèn fonksyonèl pwoteyin enpòtan. Nan ka ki ra, tronkasyon pwoteyin oswa mitasyon sit épissage ka mennen nan aktivasyon onkojèn yo. Varyasyon estriktirèl ki mennen nan aktivasyon onkojèn enkli fizyon jèn, sipresyon jèn, ak diplikasyon jèn.
Entèpretasyon klinik varyasyon jenomik la evalye siyifikasyon klinik mitasyon idantifye yo, sa vle di potansyèl valè dyagnostik, pronostik oswa terapetik yo. Gen plizyè sistèm klasifikasyon ki baze sou prèv ki ka itilize pou gide entèpretasyon klinik varyasyon jenomik la.
Baz Done Onkoloji Medsin Presizyon Sant Kansè Memorial Sloan-Kettering lan (OncoKB) klase varyant jèn yo an kat nivo ki baze sou valè prediksyon yo pou itilizasyon dwòg: Nivo 1/2, byomarkè apwouve pa FDA, oswa klinikman estanda ki predi repons yon endikasyon espesifik a yon dwòg apwouve; Nivo 3, byomarkè apwouve pa FDA oswa ki pa apwouve ki predi repons a nouvo dwòg sible ki te montre pwomès nan esè klinik yo, ak Nivo 4, byomarkè ki pa apwouve pa FDA ki predi repons a nouvo dwòg sible ki te montre prèv byolojik konvenkan nan esè klinik yo. Yo te ajoute yon senkyèm sougwoup ki asosye ak rezistans tretman.
Gid Sosyete Ameriken pou Patoloji Molekilè (AMP)/Sosyete Ameriken pou Onkoloji Klinik (ASCO)/Kolèj Patolojis Ameriken yo (CAP) pou entèpretasyon varyasyon somatik divize varyasyon somatik an kat kategori: Klas I, ak gwo siyifikasyon klinik; Klas II, ak potansyèl siyifikasyon klinik; Klas III, siyifikasyon klinik enkoni; Klas IV, yo pa konnen si li klinikman enpòtan. Se sèlman varyant klas I ak II ki enpòtan pou desizyon tretman yo.
Echèl Operasyon Klinik Sib Molekilè ESMO a (ESCAT) klase varyant jèn yo an sis nivo: Nivo I, sib ki apwopriye pou itilizasyon woutin; Faz II, yon sib ki toujou anba etid, gen chans pou yo itilize pou tcheke popilasyon pasyan ki ta ka benefisye de medikaman sib la, men yo bezwen plis done pou sipòte li. Klas III, varyant jèn sib ki demontre benefis klinik nan lòt espès kansè; Klas IV, sèlman varyant jèn sib ki sipòte pa prèv preklinik; Nan klas V, gen prèv ki sipòte siyifikasyon klinik vize mitasyon an, men terapi yon sèl medikaman kont sib la pa pwolonje siviv, oubyen yo ka adopte yon estrateji tretman konbinezon; Klas X, mank valè klinik.